理事会

理事会负责为香港中文大学（深圳）教育基金会的发展提供意见及协助大学筹募资金。其辖下的秘书处负责基金会拓展筹募、基金管理及日常行政工作。

监事会

监事会依据《基金会管理条例》和本基金会章程的规定，检查本会财务和会计资料和项目工作材料，监督理事会遵守法律和章程，向理事会提出质询和建议，听取基金会有关情况的汇报，并向深圳市民政局以及有关部门反映情况。